雙軸自動跟蹤器跟蹤控制系統使用兩種跟蹤控制方式，其一為光控，即使用光傳感器，跟據天空不同區域光線強弱區別，判斷太陽位置，然后驅動電機轉動支架進行追蹤。
雙軸自動跟蹤器其二為時控，根據當地經緯坐標和時間，利用天文學計算公式，計算太陽所處天空的坐標，然后驅動電機轉動支架進行追蹤。
目前國內公司多將兩種控制原理結合，時控為主，光控為輔，即天氣良好的情況下，利用時控追蹤太陽大約位置，然后利用光控進行**調節，天氣條件不好的情況下，單獨利用時控進行追蹤，避免天空雜光干擾。
另外也可以采用另一種結合方式：仍然以時控為主，光控為輔，即天氣良好的情況下，單純利用光控進行追蹤，如果遇到陰雨天氣，則自動轉跳到時控方式進行追蹤。
時控方式中，使用GPS 模塊來獲取當地的經緯度和時間。保證坐標和時間的精度，從而提高追蹤**程度。
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